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Le Pérou couvre 1,285,220 km ², soit approximativement les deux-tiers de la taille du Mexique. Il est entouré par l’Equateur et la Colombie au nord, le Brésil à l’est, la Bolivie au sud-est, le Chili au sud et l’Océan Pacifique à l’ouest.

Les montagnes des Andes courent parallèle à l’Océan Pacifique, divisant le pays en trois régions géographiques.

La Costa (la côte), à l’ouest, est une plaine étroite, en grande partie aride à part des vallées créées par des rivières saisonnières.

La Sierra (la région montagneuse) est la région des Andes; elle inclut le plateau Altiplano aussi bien que le sommet le plus haut du pays, 6,768 m, Huascarán.

La Selva (la jungle), une large étendue de terrain plat couvert par la forêt tropicale humide. Presque 60 % du  pays sont dans cette région. [47]

La plupart des rivières péruviennes prennent naissance dans les Andes et s’écoulent dans un des trois bassins. Ceux qui se jettent dans l’Océan Pacifique ont un petit débit, et ne coulent que par intermittence. Les affluants de la rivière Amazone sont plus longs, ont un plus grand débit. Les rivières qui s’écoulent dans le Lac Titicaca sont généralement courtes et ont un grand débit. Les rivières les plus longues du Pérou sont l’Ucayali, le Marañó N, le Putumayo, l’Yavarí, l’Huallaga, l’Urubamba, le Mantaro et l’Amazone.Les sommets des Andes sont la source de beaucoup de rivières péruviennes.

Le Pérou, à la différence d’autres pays équatoriaux, n’a pas de climat exclusivement tropical; l’influence des Andes et le Courant de Humboldt sont à l’origine de la grande diversité climatique dans le pays. La Costa a des températures modérées, des précipitations basses et est plus humides du nord. Dans la Sierra, la pluie est fréquente pendant l’été et la température et l’humidité diminue avec l’altitude jusqu’aux sommets gelés des Andes.La Selva est caractérisée par d’importantes averses et de hautes températures, à part dans sa partie la plus sud, qui a des hivers froids et des pluies saisonnières. A cause de sa géographie diverse et des climats qui en découle, le Pérou bénéficie d’une haute diversité biologique; 21,462 espèce de plantes et d’animaux avait été recencées à partir de 2003, 5,855 d’entre elles endémiquse. Le gouvernement péruvien a établi plusieurs secteurs protégés pour en assurer la conservation.